通过临床观察分析比较后发现，尖锐湿疣患者存在不同程度的细胞免疫缺陷，在这样的机体条件下，容易合并真菌感染，而有真菌感染患者皮肤的屏障功能遭到破坏，皮肤破溃潮湿、分泌物多的环境便于CA病毒入侵人体。它们的发病环境和传播途径是相似的。它们能够互为因果，使尖锐湿疣症状加重。通过激光手术，虽然清除了皮肤表面的疣体，由于真菌感染未得到控制，仍有CA生长的环境及免疫力低下的情况存在，皮肤下残留的病毒不容易被彻底清除，机体处于正不胜邪的状态，故湿疣病毒仍然能够得到助长而复发迅速。在尖锐湿疣合并真菌感染者CA的数量多而大，易于复发、反复不愈，甚至对于曾经患过尖锐湿疣的患者或亚临床患者也会因感染真菌后诱发或打破机体内CA隐性感染的平衡机制促使CA出现临床症状的事实，目前还未找到合理的解释，我们只能从乳头瘤病毒和真菌的致病环境和传播途径中找到二者的共同之处。从致病机制方面它们均与细胞免疫有关。国内学者研究表明，复发性CA与患者细胞免疫功能下降有关，它们对宿主免疫功能产生共同的负面影响，在局部形成了一种互为因果的关系，从而使合并真菌感染的尖锐湿疣患者的诊治受到影响，成为CA反复不愈的重要原因之一。我们在治疗时加用抗真菌药物治疗，改变了生殖器的局部环境，铲除了病毒滋生繁殖的部分原因，故湿疣的复发率降低，在观察中我们也发现，合并真菌感染的患者，未控制真菌感染时，湿疣常会反复发作，激光治疗后在很短时间内就会复发，且复发常发生在原来的位置。以上均说明了生殖器真菌感染对尖锐湿疣的复发及预后有很大影响，真菌感染是尖锐湿疣复发的重要原因之一。故在尖锐湿疣合并真菌感染的情况下，治疗不仅要清除乳头瘤病毒，也要进行抗真菌治疗，临床才能减少复发。

      曾有人做过实验证实生殖器真菌感染对尖锐湿疣的复发及预后有很大影响，真菌感染是尖锐湿疣复发的重要原因之一。实验是这样的：分析258例尖锐湿疣患者的临床资料，将尖锐湿疣伴真菌感染者128例分为A组，单纯尖锐湿疣者130例分为B组，进行病史、症状、治疗前后对比分析。结果  加用抗真菌药物后复发率降低到31%，而未用抗真菌治疗组复发率仍然达到72%，说明合并真菌感染对尖锐湿疣的转归有很大影响。