尖锐湿疣的治疗方法有很多种，各种方法对抑制尖锐湿疣复发有不同的有效率（40％－－90％），但目前还没有100％根治尖锐湿疣的方法，而且也不能100％防止其复发。现有的各种方法各有优缺点，其治疗主要是去除外生疣体，改善病状和体征；虽然能有效降低复发率，却不能保证每一个患者都不复发，保证每一个人绝不会复发也是不科学的说法；迄今为止，还没有一种直接抑制或杀死尖锐湿疣病毒的药物。因而单用抗病毒药物内服或注射是不明智的。比如利巴韦林、阿昔洛韦、更昔洛韦、板兰根冲剂等药物都是广谱抗病毒的药物。对尖锐湿疣没有针对性。
所以，治疗原则仍以局部治疗为主，其它内服或注射药物仅为辅助治疗。辅助治疗消费大，也不能肯定防止复发。治疗尖锐湿疣的效果并不和治疗费用成正比。
尖锐湿疣的复发虽然没有什么特别好的办法，但是并不是就会一直复发下去，这一点是可以完全可以肯定的。随着时间的推移，人体会产生对尖锐湿疣的免疫能力，这种免疫能力对尖锐湿疣复发的抑制能力强过目前所有的药物；随着自身免疫能力的加强，尖锐湿疣即使复发也多在2－3次之间，反复复发的尖锐湿疣只是个别的情况，主要发生于糖尿病、肝炎活其它免疫力十分低下的患者；这部分患者经过多次复发，他们的免疫力也会得到加强，最终复发也一定会停止。
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